给吸走灵魂的悲惨结局。
但是，神之卡最后依旧是被那些人给趁乱地带走了。
石板被莫名出现的水晶给封印，与记忆相关的重要的神之卡，又被自称“多玛三剑客”的神秘人给偷走……
意识到了事态并不简单的小表一行人，尽管心中焦急，却也无法做些什么。
这样的某一天，他们接到了专精于这方面研究的考古学家、小表的爷爷鸡酱过去的挚友——霍普金斯教授，也就是那个将第四张【青眼白龙】送给鸡酱的人的联系，让小表一行人来童实野市的博物馆内汇合。
在霍普金斯教授的讲述中，重新回到被封印的石板前的小表一行人，得知了他最近参与到了漂亮国大西洋沿岸的某个海底遗迹的调查，并在其中有着重大发现的事。
至今为止，霍普金斯教授调查过世界各地的大量遗迹。
然而在那个海底遗迹之中，他却是发现了迄今为止从未有过的上古文明的痕迹。
根据遗迹内那些酷似决斗怪兽图案的浮雕、以及远比埃及文明还要更加久远的壁画上所遗留下来的讯息，霍普金斯教授大致推测出了，这些东西大概是一万年以前，记录着当时所发生的历史的遗留物的结论。
这个壁画上所刻印着的，一度繁荣的上古文明，之所以会迎来毁灭，并最终沉入大西洋的海底深处，一切都是因为那些类似于决斗怪兽模样的生物的存在！
如果霍普金斯教授的这个推测是真实的话，那么这个万年前的遗迹的发现，很有可能会动摇人类当前的历史！
一万年前记录着文明毁灭场景的壁画、
三千年前刻有着“决斗之仪”的埃及石板、
以及现在这个时候，时不时地出现在天空之上那些异常的决斗怪兽们的身影……
这一切的一切，似乎都在印证着，又一次的毁灭大潮将要再度来袭，给如今的人类带来再一次地毁灭灾难……
“喂喂……真的假的啊？决斗怪兽什么的，不是贝卡斯创造出来的卡片游戏吗？这种事是怎么和毁灭世界扯上关系的啊？”
埃及博物馆内，听着霍普金斯教授讲述的那些关于过去文明和决斗怪兽之间的关系，对这些事感到有些头大的亲友团成员们，忍不住从口中发出了疑惑的询问声：“我觉得这次的事件，应该也是那帮自称‘多玛组织’的家伙在偷偷地搞鬼吧？”
打牌就打牌，怎麽又和世界扯上关系了啊？
作为亲友团成员之一的城之内的想法很简单，这些事件肯定是之前抢走神之卡的那些人搞的鬼。
只要把那三个自称“三剑客”的家伙给揪出来打倒的话，那么现在的一切，肯定也都将会变为原本的正常模样了。
“是吗？但是之前远在漂亮国的海马，不是特意发表了正式宣告，说那些突然出现的决斗怪兽并不是投影
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