，董福祥在攻打吴忠的战斗中亲身肉搏，虽受伤不下火线，为夺取吴忠立下头功，左于是同意正式将董字三营编入官军序列，成为刘松山手下的一支劲旅。

　　同治九年（1870年）2月，在金积堡战役中，刘松山不听董福祥的劝告，亲自前往马化龙营中受降，不料中弹身亡，临终前他将侄子刘锦棠托付与董福祥，董福祥遂忠心辅佐刘锦棠。

　　同治十年（1871年）3月2日，马化龙在被围将近两年后投降，被刘、董以藏匿武器的罪名处死。董福祥其后受命镇守金积堡，将其改建成董部的大本营。

　　同年，董福祥用开花炮猛轰马家滩回民军堡寨，回军死伤惨重，一日之内回寨尽毁。

　　同治十一年（1872年），董福祥率部进军河州，打败甘肃回军马占鳌部，迫使马占鳌投降，被提拔为参将。董福祥在战斗中对待敌军十分凶残，“以鲜血染红顶子”这句名言便是出自董福祥之口。

　　同治十二年（1873年）9月，董福祥进剿西宁回军，回军首领白彦虎连吃败仗，逃入中亚。

　　光绪元年（1875年），左宗棠率大军以刘锦堂为先导，“董字三营”为主力，西征新疆，反击阿古柏侵略势力。“董字三营”系西北土生土长的部队，不惧风沙，冲锋在前，大破天山木里河、古牧地后，一举收复乌鲁木齐，攻克玛纳斯城，首战告捷。

　　光绪三年（1877年）4月：左宗棠令诸军三路并进，直取南疆，董福祥率甘军翻越天山，急行军1200多里，攻克南疆门户达坂城，杀敌甚众。接着步马兼程，收复托克逊城，俘敌2万余众。五月，阿古柏被部下所杀，白彦虎向俄境逃窜。八月，清军开始追歼南疆残敌，董军任先锋，接连攻克喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等城，接着又马不停蹄，穿越人迹罕至的塔克拉玛干沙漠，收复了喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌以及和阗四城。至此，南北疆全部收复。阿古柏政权灭亡后，英俄对此并不甘心，仍然扶持残部不断窜扰中国西部边境，董福祥率军驻守喀什噶尔，屡歼入侵之敌。

　　光绪四年（1878年）1月，新疆除伊犁外，宣告占领全境。董福祥自此名震新疆，被叙为战功第一，加封云骑尉世职，任阿克苏总兵，赐号阿尔杭阿巴图鲁。

　　光绪五年（1879年），布鲁特酋阿布都勒哈反叛，董福祥在两日一夜之内，率部急驰300余里，在木吉击溃叛军，歼敌2000余人。

　　光绪十六年（1890年），擢为喀什噶尔提督，总统南疆军事，光绪十七年（1891年）调任乌鲁木齐提督。

　　董福祥在新疆驻守19年，御敌戍边，兴修水利，开垦屯田，整修道路，政绩卓著，赢得朝野赞誉。

　　光绪

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